永禄年間（1558～1570）から天正年間（1573～1593）にかけて、天正３年の長篠の戦い（1575）をはじめとする、武田軍と徳川軍が三河の地を争い戦う中で、遠江へ通ずる街道を監視する目的で築城、使用されたと考えられている。城跡のふもとにある長峯神社の永禄７年（1564年）の棟札には伊藤右京貞守と記されており、この人物が亀ヶ城の城主だった可能性が高い。主郭部分には祠と城址碑が残る。